Crédit d’impôt recherche : une procédure de contrôle à respecter

Le juge rappelle qu’une société ne peut se voir refuser l’éligibilité au crédit d’impôt recherche (CIR) au titre de dépenses versées à un sous-traitant si l’expert du ministère de la recherche ne lui a pas demandé préalablement de justifier ces dépenses dans un délai de 30 jours.

Le crédit d’impôt recherche (CIR) fait l’objet d’un contrôle précis et rigoureux. Deux administrations sont susceptibles d’intervenir : le ministère de la recherche qui peut être mandaté en vue de vérifier la réalité des dépenses et de leur affectation à une opération de recherche et, bien entendu, l’administration fiscale qui aura la compétence d’opérer des rectifications fiscales en cas d’obtention indue du crédit d’impôt. Une procédure stricte doit toutefois être respectée pour remettre en cause le bénéfice du CIR, comme l’illustre la décision ci-dessous.

Les faits. Une société, qui exerce une activité de développement de nouvelles variétés de céréales à paille, a réalisé des dépenses auprès de plusieurs sous-traitants qu’elle estime éligibles au crédit d’impôt recherche (CIR). L’administration fiscale, à la suite d’une vérification de comptabilité, a remis en cause l’éligibilité, au titre du CIR, de dépenses effectuées auprès d’un des sous-traitants et procédé en conséquence à des rehaussements. La société conteste.

La décision. Le juge rappelle que la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du CIR peut, sans préjudice des pouvoirs de contrôle de l’administration des impôts qui demeure seule compétente pour l’application des procédures de rectification, être vérifiée par les agents du ministère chargé de la recherche et de la technologie (LPF art. L 45 B). À ce titre, ces derniers sont tenus d’envoyer une demande d’éléments justificatifs à l’entreprise contrôlée et de lui accorder un délai de 30 jours pour y répondre. L’entreprise a également le droit de demander un entretien pour clarifier les conditions d’éligibilité des dépenses. L’avis sur la réalité de l’affectation des dépenses à la recherche doit être motivé en cas de contestation (LPF art. R 45 B-1). Il relève que le rejet des dépenses du sous-traitant s’est basé sur l’absence de description des prestations de sous-traitance, sans que l’expert ait demandé ces documents préalablement à l’examen. Cela a privé la société d’une garantie. Même si le motif de rejet a été modifié par la suite, cette omission a eu une influence sur le redressement. Il décide par conséquent que la société est en droit de demander la décharge des rappels de CIR pour les prestations facturées par son sous-traitant.

CAA Versailles 23-5-2023 n° 21VE03300

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